freee会計で確定申告するやり方|青色申告65万円控除・消費税・e-Taxの流れ
freee会計は、質問に答える形で確定申告書まで作れます。ただし押さえておくべき条件が2つあります。青色申告特別控除65万円にはe-Taxでの提出(または優良な電子帳簿保存)が必要で、消費税の申告はスタンダード以上のプランでないとできません。この記事では、明細の取り込みから提出までの流れと、提出前に必ず見るチェックポイントを整理します。
監修:佐藤公認会計士・税理士事務所/最終更新 2026-08-27
申告までの全体像
確定申告の作業は、2月に一気にやるものではありません。日々の記帳が終わっていれば、申告書の作成そのものは1日で終わります。逆に言えば、遅れているのはたいてい記帳のほうです。
freeeで申告までたどり着く道筋は、次の6ステップです。
口座・カードを同期して1年分の明細を取り込む
freeeの時短効果はここから始まります。同期が途中で止まっていないか、最終同期日を必ず確認してください。
自動で経理で1件ずつ勘定科目を確定する
推測された科目をそのまま登録せず、内容が違うものだけ直します。同じ取引先は次回から学習されます。
残高を通帳・カード明細と突き合わせる
12月31日時点の預金残高が通帳と一致していれば、その口座の取引は入り切っています。ここが合わないまま先へ進まないでください。
確定申告書類の作成
freeeでは質問に答える形式で進みます。控除の入力漏れが起きやすいので、生命保険料控除や小規模企業共済等掛金控除の証明書を手元に用意してから始めてください。
e-Taxで提出、または印刷して提出
65万円控除を取るならe-Taxです。提出後は受信通知を必ず保存してください。
青色申告特別控除65万円の条件
青色申告特別控除は、65万円・55万円・10万円の3段階です。freeeで記帳していれば複式簿記の要件は満たせるため、実務で差がつくのは提出方法のほうです。
| 控除額 | 帳簿 | 申告 | 提出方法など |
|---|---|---|---|
| 65万円 | 複式簿記 | 期限内申告 | e-Taxで申告するか、優良な電子帳簿保存を行う |
| 55万円 | 複式簿記 | 期限内申告 | 書面で提出 |
| 10万円 | 簡易簿記など | - | 上記を満たさない場合 |
freee会計で記帳していれば複式簿記の要件は満たせます。65万円と55万円を分けるのは「提出方法」です。
※青色申告特別控除の要件は所得税法上の制度です。事業所得・不動産所得の別や、青色申告承認申請書の提出期限など、個別の条件は必ずご確認ください。
消費税の申告はプランで決まる
ここは事前に知っておかないと、申告の直前に困ります。freee会計の個人事業主版で消費税申告機能が使えるのはスタンダード以上です。スタータープランでは消費税の申告ができません。
インボイス登録をして課税事業者になった方は、この一点だけでスタンダードを選ぶ理由になります。年額にして11,760円と23,760円(いずれも税抜)の差ですが、申告できなければ意味がありません。
※金額はすべて税抜。2026年8月時点の公式ヘルプセンター記載の内容です。最新の料金は必ず公式サイトでご確認ください。
また、消費税は計算方法の選択で納税額が変わります。2割特例、簡易課税、本則課税のどれを使うかは、初年度であれば一度専門家に確認することをおすすめします。届出の提出期限を過ぎると、その年は選び直せません。
プランごとの機能差はfreee会計 個人事業主向け料金プランで詳しく整理しています。
e-Taxで出すために必要なもの
e-Taxでの提出方法は2通りあります。どちらでも65万円控除の要件は満たせます。
マイナンバーカード方式
マイナンバーカードと、読み取るためのICカードリーダーまたは対応スマートフォンが必要です。事前の届出が不要なので、今から始めるならこちらが素直です。
ID・パスワード方式
税務署で本人確認を受けて発行されたe-Tax用のID・パスワードを使う方法です。カードやリーダーは不要ですが、発行のために一度税務署へ行く必要があります。
マイナンバーカードの電子証明書には有効期限があります。申告直前に切れていることに気づくケースが毎年あります。
提出前に必ず見る5つのチェックポイント
freeeが作った申告書をそのまま送る前に、次の5点だけは目で確認してください。税務調査で最初に見られるところでもあります。
残高が合っているか
12月31日時点の預金残高が通帳と一致しているかを確認します。ここがずれていると、どこかの取引が抜けているか、二重に入っています。
事業主貸・事業主借に逃げていないか
内容が分からない取引をこの科目に寄せていないかを見ます。金額が大きいときは、たいてい内容の確認が済んでいません。
売掛金・買掛金の期ずれ
12月に納品して1月に入金された売上を、今年の売上として計上できているかを確認します。入金ベースのままだと期ずれになります。
家事按分
自宅兼事務所の家賃・光熱費・通信費について、按分の割合に説明できる根拠があるかを確認します。面積や使用時間など、根拠はメモに残してください。
固定資産
10万円以上のものを一括で経費にしていないかを見ます。少額減価償却資産の特例が使えるかどうかもあわせて確認してください。
申告書は作った時点では終わっていません。残高が合って初めて終わりです。
よくある質問
freeeだけで確定申告は完結しますか?
所得税の申告であれば、freee会計の中で書類作成からe-Tax送信までできます。消費税の申告をする場合はスタンダード以上のプランが必要です。
お試しプランのまま申告できますか?
できません。お試しプランでは確定申告書類の入力まではできますが、出力ができません。
期限に間に合わなかったらどうなりますか?
期限後申告になると青色申告特別控除は10万円に下がり、無申告加算税や延滞税の対象にもなります。まず期限内に出すことを優先してください。
freeeで作った申告書を税理士に見てもらえますか?
できます。メンバー招待でデータを共有すれば、ファイルの送付なしにその場で確認できます。

